Julkaistu 9.6.2021
Biopankin laboratorio on aarrekammio tutkijalle
Laboratorio FinnMedi 5:n 7. kerroksessa on Tampereen biopankin sydän. Siellä säilytetään ja käsitellään suurta osaa biopankin "talletuksista" eli biopankkinäytteistä. Laboratoriossa työskentelee kolme työntekijää.
–Biopankin omaisuus on täällä pakastimissa, kiteyttää laboratoriohoitaja Marja Kuosmanen.
–Tämä on tutkijoille aarrekammio - täältä löydätte sen, mitä ette ole vielä edes osanneet kaivatakaan!
Laboratoriossa otetaan vastaan, käsitellään, luetteloidaan ja pakastetaan uusia näytteitä. Toinen iso tehtäväkokonaisuus on poimia näytteistä aineistoja tutkimuksia varten.
Tutkimuskoordinaattori Niina Toikkanen käsittelee, kerää ja valmistelee kudosnäytteitä tutkimuksia varten.
© Anna-Mari Martikainen
Tuhansia verinäytteitä kuukaudessa
Näytteitä säilytetään pakastimessa, jonka lämpötila on -70 astetta.
© Anna-Mari Martikainen
Biopankin laboratorioon saapuu verinäytteitä kolme kertaa päivässä yhteistyökumppani Fimlab Laboratorioilta, joka vastaa näytteiden ottamisesta. Näytteet käsitellään, jaetaan alieriin, kirjataan näyterekisteriin ja pakastetaan joko -70-asteiseen pakastimeen tai -200-asteiseen nestetypen kaasufaasiin.
– Näytteet jaetaan alieriin joko manuaalisesti tai nesteenkäsittelyrobotilla, joka on paras työkaverimme, kun erät ovat isoja, kertoo laboratoriohoitaja Maiju Junno.
Valtaosa biopankkinäytteistä on verinäytteitä, jotka otetaan biopankkisuostumuksen antaneilta ihmisiltä tavallisen laboratoriokäynnin yhteydessä. Biopankkinäytteitä otetaan kerralla kolme. Kuukaudessa biopankkiin saapuu 1500 näyte-erää, joten kuukaudessa näytteitä käsitellään tuhansia. Lisäksi meneillään on syöpänäytekeräys, tuorekudosnäytteiden keräys ja erilaisia projektikohtaisia keräyksiä.
Näytemäärät ovat kasvaneet sitä mukaa, kun suostumuksia on annettu enemmän. Toisaalta myös biopankkiaineistoihin perustuvat tutkimukset ovat yleistyneet. Biopankin laboratoriossa poimitaan kokoelmasta tutkijan pyytämät näytteet ja toimitetaan ne tutkijalle pakastettuna.
Näytteet on kirjattu tarkasti rekisteriin, jotta ne löydetään tarvittaessa.
© Anna-Mari Martikainen
– Tutkijoilla on tietyt kriteerit, joiden perusteella näytteet poimitaan kokoelmasta. Näytteitä ei analysoida täällä, vaan ne luovutetaan tutkijalle perusmuodossa eli seerumina, plasmana, kokoverenä tai eristettynä DNA:na, Junno kuvailee.
– Alkuperäiset näytteet jaetaan niin, että yhdestä näytteestä riittää useaan tutkimukseen.
Kuosmanen ja Junno muodostavat tärkeän lenkin tutkimuksen toteutumisessa.
–Tässä työssä ei saa tehdä virheitä, sillä tutkimuksen tulokset perustuvat käytettyihin näytteisiin j
a niihin liittyviin tietoihin, Junno sanoo.
–Meidän pitää pystyä takaamaan tutkijoille, että laatu hyvä. Näytteiden vaiheiden, kuten säilytysolosuhteiden ja käsittelyiden, pitää myös olla aina jäljitettävissä.
Kudoksien kertomaa
Tutkimuskoordinaattori Niina Toikkasen tehtäviin kuuluu kudosnäytteiden käsittely, kerääminen ja valmistelu tutkimuksia varten.
– Tämä työ ei ole fyysisesti raskasta, mutta vaatii tarkkuutta ja taitoa, Toikkanen kertoo.
– Tässä puhutaan sadasosamillimetreistä.
Kudosnäytteistä valmistetaan leikkeitä, joita tutkimuksissa analysoidaan.
© Anna-Mari Martikainen
Toikkanen siirtyi biopankkiin histologisesta tutkimuslaboratoriosta, jossa tekniikka tuli tutuksi. Koulutukseltaan hän on ylemmän ammattikorkeakoulututkinnon suorittanut bioanalyytikko. Toikkasen työpiste on usein Fimlabin patologian laboratoriossa, ja yhteistyö Fimlabin kanssa on muutenkin tiivistä.
Toikkanen kertoo, että nykyisin kudosleikkeet yleensä skannataan ja toimitetaan digitaalisena aineistona tutkijoille. Alkuperäisten näytteiden luovuttamisessa onkin omat riskinsä. Kudosnäytteitä on näytearkistossa paljon, vanhoja parafiininäytteitä jopa satoja tuhansia, ellei miljoonia. Tutkimuksia varten tarvitaan muutamasta kymmenestä muutamaan sataan näytettä.
Vaikka aineisto on kattava, harvinaisiin tauteihin ei aina välttämättä löydy riittävästi materiaalia. Ennen tutkimusta tutkijat pyytävät biopankista esiselvitystä tarvitsemistaan näytteistä.
– Kommunikoidaan ja pohditaan yhdessä. Tutkijalla ei tarvitse olla kaikkea valmiiksi mietittynä etukäteen, vaan joitain näytteisiin liittyviä seikkoja voidaan ratkoa yhdessäkin, Toikkanen kannustaa.
Toikkanen on viihtynyt hyvin Biopankin leivissä.
– Tämä työ on todella vaihtelevaa, koska kaikki projektit ovat erilaisia, Toikkanen kehuu.
– Aina tulee yllätyksiä, ja silloin tarvitaan ongelmanratkaisutaitoa. Omaa ammattitaitoa saa käyttää tehokkaasti.
Nesteenkäsittelyrobotti Hamilton on laboratoriohoitajien paras työkaveri, sillä se käsittelee kerralla suuria määriä näytteitä.
© Anna-Mari Martikainen