Taysissa pilotoidaan sähköisten potilastietojen yhdenmukaistamista

Eri maissa ja eri sairaaloissa potilastietoja tallennetaan hyvin erilaisissa muodoissa. Tämä vaikeuttaa tietojen vertailua tutkimuskäytössä. Tampereen Biopankissa ja Taysin Tutkimuspalveluissa pilotoidaan nyt potilastietojen muuntamista laajasti maailmalla käytettyyn tietomalliin.

– Sairaaloiden tietojärjestelmien sisältämä data voi olla rakenteeltaan hyvin erilaista ja tutkimuksen kannalta haastavaa, koska tiedot on voitu ilmaista paikallisilla kielillä ja käyttäen erilaisia maakohtaisia tai jopa paikallisia koodistoja, sanoo tutkija Sampo Kukkurainen Taysin tutkimuspalveluiden kliinisen informatiikan tiimistä.
– OMOP eli Observational Medical Outcomes Partnership on tutkimustarkoitusta varten kehitetty tietomalli, jossa tiedot ilmaistaan yhteisellä, kansainvälisiin koodistoihin perustuvalla sanastolla, ja tietojen väliset suhteet on ilmaistu yhdenmukaisesti.
 
Pilottiprojektissa käsitellään sairaanhoitopiirin tietovarastosta poimittua onkologista aineistoa, johon kuuluu esimerkiksi erilaisia diagnoosi-, käynti-, lääkitys- ja hoitotietoja. Aineiston sisältämät kansalliset ja paikalliset koodit ja termit käännetään yksi kerrallaan OMOP-tietomallissa käytettyihin sanastoihin.  Aineisto tallennetaan lopuksi tietokantaan.

– Tässä projektissa olemme saaneet aineiston jo suurelta osin käsitellyksi, Kukkurainen toteaa.
– Voimme tulevaisuudessa laajentaa OMOP-projektia koskemaan myös muuta sairaanhoitopiirin potilastietoa.

Tietomallin käyttö tekee eri sairaaloiden ja maiden aineistoista vertailtavia. OMOP-tietomallin taustalla on Observational Health Data Sciences and Informatics (OHDSI) –yhteisö, ja OMOP:in käyttöönottoa Euroopassa edistää European Health Data & Evidence Network eli EHDEN. Pirkanmaan sairaanhoitopiiri on ensimmäisenä Suomessa saanut EHDENiltä rahoituksen potilastiedon muuntamiseen.
 
– Meidän OMOP-tietomalliin muunnetusta aineistomme laaditaan myös kuvaus osaksi EHDENin yhteistä aineistokatalogia, Sampo Kukkurainen kertoo.
– Tämä avaa mahdollisuuksia tutkimusyhteistyölle, sillä se tuo sairaanhoitopiiriämme näkyväksi tutkijoille ja yrityksille. Samalla tulee esille, miten paljon ja minkä tyyppistä OMOP-muotoista dataa meillä on.
 
Projektissa on yhteiskumppanina MediSapiens oy. Tietomallin käytössä on aloitettu myös yhteistyö muiden Suomen yliopistosairaaloiden kanssa.